El equipo representativo de la Universidad Nacional Autónoma de México fue aceptado en el profesionalismo en 1954 y desde entonces hay fechas que no se pueden olvidar.
El equipo fue admitido en la Segunda División Profesional durante el rectorado de Nabor Carrillo. El Ingeniero Guillermo Aguilar Álvarez, padre, fue el primer Presidente de la institución y el costarricense Rodolfo Muñoz "Butch" ocupó el cargo de primer entrenador de nuestro conjunto. El de la UNAM fue el primer equipo universitario del Futbol Profesional Mexicano.
Cuatro años después y tras ausentarse de la división de ascenso por un año, la administración del equipo fue asumida por el Patronato de la Universidad, con Javier Ortiz Tirado y Manuel Mangas a la cabeza. Héctor Ortiz se desempeñó como entrenador y jugador del conjunto al mismo tiempo.
Al golear al Cataluña de Torreón por 5-1, el 9 de Enero, Universidad aseguró el ascenso a la Primera División en 1952, con Octavio Vial al mando, convirtiéndose en el cuarto equipo capitalino en el máximo circuito. Su debut en esta categoría se produjo el 1 de Julio en un duelo contra el América. Dos meses después, el italo-argentino Renato Cesarini, quien sentó las bases para la permanencia del equipo en la división así como la estructuración de las Fuerzas Básicas, tomó las riendas de la escuadra auriazul.
En 1964, El argentino Alberto Etcheverry se consagró como el primer Campeón goleador de los Pumas en la Primera División, dos años después de que en la Segunda División lo lograron en forma compartida Lorenzo García y Carlos Calderón de la Barca.
Cinco jugadores de los Pumas fueron convocados a la Selección Nacional que participó en el Campeonato Mundial de Inglaterra: Enrique Borja, José Luis "Calaca" González, Elías Muñoz, Aarón Padilla y Luis Regueiro.
En 1975 y a iniciativa del Rector Guillermo Soberón Acevedo, el 11 de Julio se constituyó la Asociación Civil Club Universidad Nacional, encargada de administrar al equipo profesional de futbol. Aunque dependiente de la UNAM, la asociación se formó con la finalidad de darle viabilidad financiera al Club y bajo la presidencia de los ingenieros Bernardo Quintana Arrioja (1975-84) y Gilberto Borja Navarrete (1984-1997) marcó la pauta para una gestión exitosa. El Presidente deportivo de la Institución, el Ingeniero Guillermo Aguilar Álvarez, hijo, fue el "cerebro" detrás de todos los éxitos en el terreno de juego.
El 20 de Julio, bajo las órdenes del húngaro Arpad Fekete, los Pumas consiguieron su primer título en la Primera División al conquistar el Torneo de Copa con 10 puntos en seis juegos dentro de un cuadrangular final. Una semana después, alcanzaron la corona de Campeón de campeones, al derrotar por 1-0 al Toluca, entonces Campeón de Liga.
En 1977, los Pumas conquistaron el 3 de Julio su primer Campeonato de Liga al vencer en la Final a la Universidad de Guadalajara por 1-0 en el Estadio Azteca, con anotación de Evanivaldo Castro "Cabinho". La escuadra auriazul alcanzó el liderato general durante la fase regular por primera ocasión. El Director Técnico, el húngaro Jorge Marik, dejó a los Pumas al término del torneo y fue reemplazado por el serbio Velibor "Bora" Milutinovic.
Un año después y a pesar de no contar con cinco jugadores convocados al Campeonato Mundial de Argentina (cuatro por México y uno por Perú), los Pumas alcanzaron la Final, aunque cayeron ante los Tigres de la Universidad de Nuevo León por un marcador global de 3-1.
Para 1979 y por primera vez en la historia de la Primera División, dos jugadores de un mismo equipo compartieron el título de goleo individual: Hugo Sánchez y Evanivaldo Castro "Cabinho" anotaron 26 goles cada uno y fueron uno de los motivos fundamentales para que el equipo alcanzara su tercer Final consecutiva. En esa instancia, los Pumas cayeron 2-0 ante el Cruz Azul. "Cabinho" dejó a los felinos al término de la campaña, después de haber acumulado su cuarta corona de goleo individual de manera consecutiva con la escuadra de la UNAM.
En 1981, el 9 de Agosto los Pumas consiguieron su segundo campeonato de Liga al golear en el encuentro decisivo al Cruz Azul por 4-1, en Ciudad Universitaria, con tantos de Hugo Sánchez, Ricardo Ferretti, Manuel Manzo y Enrique López Zarza. En ese mismo año, los felinos ganaron sus primeros títulos internacionales: la Copa de Campeones y subcampeones de la CONCACAF (Confederación Norte, Centroamericana y del Caribe de Futbol) así como la Copa Interamericana frente al conjunto uruguayo Nacional de Montevideo, ganador de la Copa Libertadores de América.
Después de derrotar al Robin Hood de Surinam por 3-2, el conjunto de la UNAM se adjudicó su segundo título de clubes de la CONCACAF en el 82.
A pesar de haber alcanzado el liderato general durante la fase regular, los Pumas cayeron en el duelo por el título ante el América. Después de dos empates en la Ciudad de México, se decidió que un tercer partido tuviera lugar en el Estadio Corregidora de Querétaro, en donde se impusieron los americanistas por 3-1 con un arbitraje sumamente parcial de Joaquín Urrea en 1985.
Tres años después América volvería a ser el verdugo de los del Pedregal que ya conn Héctor Sanabria como Técnico, los Pumas llegaron a la Final pero cayeron ante las Águilas por un marcador global de 4-2. Manuel Negrete y Luis Flores -campeón de goleo con 24 tantos- reforzaron a los universitarios después de haber actuado un año en Europa. En esa temporada se estableció el récord de mayor anotaciones para el club con 82.
En 1990, tras vencer al conjunto cubano de Pinar del Río, por un global de 4-2, los Pumas consiguieron su tercer trofeo de la CONCACAF. El portero-delantero Jorge Campos fue el mejor anotador de los auriazules en esa competencia. Desafortunadamente, cayeron ante el Atlético Nacional de Medellín (Colombia) en la disputa por la Copa Interamericana.
Para 1991, después de alcanzar el liderato general y contar en sus filas con el campeón romperredes (Luis García con 26 tantos), los Pumas llegaron a su tercer Final contra el América en siete años. Bajo la batuta de Miguel Mejía Barón, los jugadores azul y oro no dejaron pasar la oportunidad y después de perder 3-2 en el Estadio Azteca (goles de Luis García y David Patiño), se impusieron el 22 de Junio por 1-0 en el Estadio Olímpico Universitario con un gol anotado por Ricardo "Tuca" Ferretti. Por haber marcado más goles en condición de visitantes, los universitarios se adjudicaron el título. "Tuca" tomaría las riendas del equipo a partir de la siguiente temporada.
Ya en los torneos cortos, los Pumas solamente pudieron avanzar a la Liguilla en tres ocasiones.
En el 2001, el 19 de Agosto renunciaron a sus cargos en la Presidencia y Vicepresidencia del equipo, respectivamente, el Doctor Guillermo Soberón Acevedo y el Ingeniero Javier Jiménez Espriú. Luis Regueiro se hizo cargo del Club y propició el regreso de Hugo Sánchez a la Dirección Técnica del equipo, el 21 de Septiembre, después de que poco más de un año antes se había separado del Club.
El 18 de Diciembre, a iniciativa del Rector, el Doctor Juan Ramón de la Fuente, se creó un nuevo Patronato encabezado por el Licenciado Arturo Elías Ayub, quien tomó posesión de su nuevo cargo dos días más tarde. Al mismo tiempo, se crearon la Junta Directiva y el Consejo Técnico Deportivo.
Tras dos terceros lugares en la tabla general y dos accesos a las Semifinales señalaron la tendencia ascendente en el desempeño de los Pumas. Asimismo, alcanzaron una histórica clasificación por primera vez a la Copa Toyota Libertadores de América.
En el 2003, Aarón Padilla relevó a Luis Regueiro al frente del Consejo Técnico Deportivo del Club el 21 de Febrero.
Después de conseguir resonados triunfos sobre los cuadros sudamericanos de Bolívar, Gremio y Peñarol, los auriazules avanzaron a la segunda fase de la Copa Libertadores antes de caer en los Octavos de Final ante el Cobreloa chileno.
Los Pumas pusieron fin a la sequía de títulos al derrotar en la Final del Torneo de Clausura 2004 al Guadalajara. Después de un empate a un gol en el Jalisco, se produjo un empate a cero en el Estadio Olímpico Universitario, por lo que se requirieron tiros penales, en los que los felinos se impusieron por 5-4 para coronarse campeones de liga, el 13 de Junio. Antes de dos meses, dos trofeos más se habían agregado: el trofeo de Campeón de campeones, al golear por 7-3 al Pachuca, en el marcador global, y el Trofeo Santiago Bernabéu. El 31 de Agosto los Pumas se convirtieron en el primer equipo del continente americano en ganar el Santiago Bernabéu, al derrotar en su casa al Real Madrid por 1-0, con un gol de Israel Castro.
Los Pumas se convirtieron en el primer equipo (y único hasta la fecha) en conseguir un bicampeonato en la historia de los torneos cortos, al imponerse en la Final del Torneo de Apertura 2004 al Monterrey, por un marcador global de 3-1.
En 2005, el equipo alcanzó el Subcampeonato en la Copa de Campeones de la CONCACAF y en la Copa Nissan Sudamericana. En ésta última competencia, los auriazules forzaron una definición mediante los tiros penales después de haber empatado con Boca Juniors a un tanto, tanto en Ciudad Universitaria como en la Bombonera.
Después de dos meses de administración del Patronato del equipo por el doctor Octavio Rivero Serrano, el ingeniero Gilberto Borja Navarrete y el doctor José Narro Robles, fue nombrado como Presidente el ingeniero Víctor Mahbub.
Surge Pumas Morelos, equipo filial del Club Universidad en la Primera División "A", que tiene como sede el Estadio Centenario de Cuernavaca.
Con Ricardo Ferretti como Director Técnico, los Pumas alcanzaron el subliderato del Torneo de Apertura 2006 y empataron la marca de menos goles recibidos en un torneo corto (11, lo que únicamente había logrado el Atlante en el Torneo de Invierno ’96).
El timonel brasileño salvó a los universitarios del descenso en el Clausura 2007 y siguen como entrenador de los Pumas de la UNAM.
Los Pumas de la UNAM disputaron la final del Apertura 2007 contra el Atlante, el día 6 de diciembre en C.U. la cual queda 0-0 y el día 9 de diciembre en Cancún la cual perdió 2 a 1.
El sábado 23 de mayo de 2009 los universitarios pierden 2-1 ante el puebla en la semifinal de vuelta en C.U. pero con marcado global de 3-3 y por mejor posición en la tabla logran avanzar a la final del Clausura 2009 ante el Pachuca. En el partido de ida en C.U., el partido acabó 1 a 0 a favor de los Pumas. En el partido de vuelta el 31 de mayo en el estadio Hidalgo, quedó 2 a 2 el marcador y 3 a 2 el global a favor de los felinos, como consecuencia los Pumas se vuelven campeones del Clausura 2009.
El torneo Apertura 2009 fue uno de los peores que ha tenido el Club Universidad, obteniendo 5 puntos en los primeros diez encuentros, y terminando en penúltimo lugar con 17 puntos obtenidos en la misma cantidad de juegos. Todo esto a pesar de haber jugado con la misma plantilla que ganó el torneo anterior a excepción del jugador Toledo que fue comprado por el equipo los Tigres de la UANL.
Para el torneo Bicentenario 2010, a pesar del mal resultado del torneo anterior, el equipo decidió mantener al entrenador Ricardo Ferretti y a la plantilla completa. La continuidad dio resultado, pues el equipo calificó a la liguilla en cuarto lugar, siendo la mejor defensa desde que se instauraron los torneos cortos en 1996, recibiendo tan solo 10 goles en 17 partidos. El récord anterior era de 11 goles obtenidos por los Pumas en el Apertura 2006 y por el Atlante en el torneo Invierno 96. El equipo fue eliminado en cuartos de final con un marcador global 2-1 a favor del equipo Santos Laguna.
En el verano del 2010 el equipo tuvo tres salidas importantes. En primer lugar el entrenador Ricardo Ferretti salió del club para dirigir a los Tigres de la UANL, su lugar fue ocupado por Guillermo Vázquez, que hasta ese momento había ocupado el puesto de auxiliar técnico en el equipo. Además, después de tener buenas actuaciones en el mundial Sudáfrica 2010, Efraín Juárez fue contratado por el Celtic Football Club de la Premier League de Escocia y Pablo Barrera emigró a la Premier League de Inglaterra para jugar con el West Ham United Football Club. A pesar de esto, por cuarto torneo consecutivo el club decidió no contratar ningún refuerzo y aparentemente darles salida a los jóvenes formados en sus fuerzas básicas.
Por lo anterior, la prensa y los aficionados expresaron sus dudas sobre lo que el equipo podría conseguir en el Apertura 2010. Al comienzo del torneo, el equipo ganó los primeros juegos que se disputaron en el Estadio de C.U., incluso rompiendo una mala racha ante el Cruz Azul;3 pero perdieron por goleada sus primeros encuentros como visitante contra el Santos y el Monterrey.
En el Clausura 2011, con esas mismas dudas, pasó lo que nadie esperaría tras iniciar con un torneo discreto, poco a poco se dio a notar siendo el único invicto claro fue el resultado donde lo consideraron el mejor con una goleada de 5-1 sobre Estudiantes en C.U. y siendo el Super líder casi todo el torneo, el invicto lo pierde en la fecha 12 tras caer 3-1 ante Jaguares de Chiapas pero seguía siendo líder. Perdió el supe liderato tras caer en el "México 68" 2-0 contra el América hizo historia sin perder más de un año en casa y quedando así en 2do. lugar en la general. Después de pasar a la liguilla enfrentando a Monterrey, Club Deportivo Guadalajara y en la final Monarcas Morelia; el club de la Universidad Nacional Autónoma de México se consagró campeón por séptima vez.
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