Fue fundado en Noviembre de 1924 con el nombre de "Oro" y después el de "Oro Morelia". Jugaban en el campo Morelia de la avenida Madero de la ciudad de Morelia, Michoacán, México.
En 1951 entra por primera vez en una competición profesional al fundarse la Segunda División Nacional de Fútbol Mexicano. En la Temporada 56-67 obtuvieron el subcampeonato de la Segunda División con la renuncia del Puebla Fútbol Club en la Primera división mexicana, asciende por primera vez al máximo circuito. En la temporada 1967-68 descienden a la Segunda División de nuevo.
En 1973, con la adquisición del equipo por parte de Nicandro Ortiz, se reestructuró el club y se le cambió el Nombre a Atlético Morelia S.A. de C.V. En la temporada 1980-81, fue cuando bajo la dirección de Diego Malta, ascendieron al Máximo circuito del Fútbol Mexicano.
El 9 de abril de 1989, tras casi 8 años de jugar en Primera División, fue fundando el Monumental Estadio José María Morelos y Pavón. En un partido entre el Atlético Morelia y el Club América, máximo rival del club en la actualidad.
En el año de 1996, la empresa de televisión mexicana, TV Azteca adquirió el equipo. En 1999, el equipo es rebautizado como "Club Atlético Monarcas Morelia" o simplemente "Monarcas Morelia".
En la campaña del Invierno 2000 del torneo mexicano, el Morelia contrata como técnico a Luís Fernando Tena, con el cuál conseguirían el único título de Primera División que tienen hasta ahora. El Campeonato lo ganaron llegando a la final contra el Deportivo Toluca; antes habían eliminado al Pachuca Club de Fútbol y al Santos Laguna. El partido de Ida de la Final fue el 13 de Diciembre del año 2000 en el Estadio Morelos ante un lleno total.
El partido terminó 3-1 a favor de los locales con goles de Mario Ruiz, Alex Fernandez y Omar Trujillo; por parte de los choriceros anotó José Saturnino Cardozo. El partido de vuelta se jugó en el Estadio Nemesio Diez de la ciudad de Toluca. A los 14 minutos de juego, Erick Espinosa anotó para el Deportivo Toluca, poco después, al 24' anotaría el segundo gol de la tarde el paraguayo José Saturnino Cardozo. El partido concluyó en su tiempo reglamentario y el marcador global era 3-3. El partido se extendió a tiempos extras con gol de oro, donde nunca cayó el gol, y finalmente a los tiros penales, donde ganaron 5-4, coronándose campeones del torneo Invierno 2000.
En la edición 2002 de la Copa Libertadores, bajo el mando del técnico Rubén Omar Romano, llegan hasta la fase de Cuartos de Final; donde son eliminados por el Club América. Su actuación en la primera fase y los Octavos de Final, le hacen merecedor del título de "Mejor Equipo del Mundo del mes de Abril de 2002" que le otorgó la FIFA .
En el año 2002, consigue también el subcampeonato de la Copa de Campeones de la CONCACAF, al perder la final contra el Pachuca Club de Fútbol con marcador de 1-0 en un partido disputado en el Estadio Azul.
En el torneo Apertura 2002, llega a la final del fútbol mexicano de nuevo contra el Deportivo Toluca; pero ésta vez la pierde con un marcador global de 4-2.
En el torneo de Clausura 2003 llega por segunda vez consecutiva a la final; ésta vez contra el Club de Fútbol Monterrey, pero pierde con un marcador global de 3-1. Meses después, también por segunda vez consecutiva, llega a la final de la Copa de Campeones de la CONCACAF, contra el Deportivo Toluca; perdiéndola con marcador global de 5-4.
En el torneo Clausura 2005 consiguió el liderato en la fase regular, pero no pudo conseguir el campeonato, ya que fue eliminado en las semifinales por los Tecos de la UAG con marcador global de 1-2.Después de un torneo sin calificar, en el Clausura 2006 calificó a la liguilla por el título, fue eliminado por el Pachuca Club de Fútbol.
El torneo de Apertura 2006 comenzó bajó la dirección de Hugo Hernández, quien fue sustituido en la fecha 10 por Marco Antonio Figueroa. El equipo ocupó el lugar 12 de la Tabla General, razón por la cual quedó excluido de la Liguilla.
Para el Torneo de Clausura 2007, todavía bajo la dirección de Figueroa, el equipo adquirió jugadores como Nicolás Pavlovich, Jesús Mendoza y Hugo Sánchez que no rindieron lo esperado. Al final del torneo quedó en décimo lugar con 22 puntos, producto de siete juegos ganados, uno empatado y nueve perdidos, que le dio derecho a disputar la repesca contra el Atlas. El marcador global fue 1-1, pero el Atlas avanzó a la siguiente instancia, en virtud por haber tenido mejor posición en la Tabla General que el cuadro michoacano.
En el Torneo Apertura 2007 el conjunto purépecha contrató a José Luis Trejo comoDirector Técnico, pero los malos resultados hicieron que éste dejara su cargo en la Jornada 13 para darle paso a la etapa de David Patiño quien logró meter a los morelianos al Repechaje ante América luego de que el equipo sumara 22 puntos y se ubicara en el décimo lugar de la competencia.
Monarcas ganó por global de 3 - 1 (ganó 3-0 en el Estadio Morelos y perdió 1-0 en el Estadio Azteca), con lo cual le tocó enfrentar en Cuartos de Final al líder general del torneo, Santos Laguna. En el juego de ida Monarcas perdió 0-2, con polémica actuación del árbitro Mauricio Morales, mientras que en el juego de vuelta, en Torreón, volvió a perder, pero ahora por 3-2, quedando 5-2 en el global, razón por la cual no pudo pasar a la instancia de Semifinales.
Para el Clausura 2008 los servicios de David Patiño no fueron requeridos a partir de la fecha 11 cuando llegó al timón Monarcas Luis Fernando el 'Flaco' Tena, quien actualmente continúan al frente del equipo.
En el Apertura 2009 hizo una de sus mejores campañas ya que llegó invicto hasta la fecha 5 empatando a uno en su primer duelo ante Santos en el Estadio Morelos con goles de Aldo Leão Ramírez por parte del Morelia y por los de la Laguna marco Juan Carlos Mosqueda en su segundo juego le ganó 2-1 al Club América en el Estadio Azteca con goles de Miguel Sabah y Wilson Thiago Mathias mientras que después descontó Salvador Cabañas por el otro equipo.
Su tercer juego fue contra el San Luis con el que le ganó 2-1 por Fernando Salazar de penal empato San Luis con un penal que cobro Alfredo Moreno y en el último minuto anoto Hugo Droguett por Monarcas en la cuarta fecha ganó por escándalo al Indios de Ciudad Juárez con un 5-0 anotando Miguel Sabah y Hugo Droguett 2 goles y Elías Hernández 1,después en el Estadio Jalisco le ganaron 2-0 al Atlas con un gol por error de un defensor zorro de Sabah y después el anoto el segundo por medio de penal. Esta victoria significo para Morelia ganarle al Atlas de visitante después de 11 años.
Después perdió con el Cruz Azul 3-0 siendo el único juego que perdió en el Morelos goles por Emmanuel Villa después le siguieron Gerardo Lugo y Alejandro Vela en ese torneo llegaron como terceros de la general a la liguilla y así obtuvieron su pase directo a la Copa Santander Libertadores 2010 en la estancia de cuartos de final les toco jugar contra Santos Laguna que en el primer partido en Torreón cayeron por el marcador de 2-1 anotando primero Carlos Ochoa así le daba la victoria de 1-0 al Santos después el Monarcas empataría por medio de Hugo Droguett para que al final quedaran 2-1 por medio de Carlos Ochoa mientras que en Estadio Morelos todo cambio a ser goleado 3-0 goles de Wilson Thiago, Miguel Sabah y por último el capitán Mauricio Martín Romero llegando así a semifinales que empato primero en Morelia 0-0 después en el Estadio Azul ganó Cruz Azul 2-1 metiendo en primero Miguel Sabah empatando después el Chuleta Orozco y por último el Tito Villa, partido que tuvo una gran polémica por una mano metida en el aérea por Joel Huiqui cuando Thiago metería un gol así no pudo llegar a la final que sería ganada por los Rayados de Monterrey.
En enero de 2010 se dio a conocer una lista de la IFFHS en el que el conjunto michoacano aparece en el lugar 124 de la clasificación mundial de clubes de los últimos 20 años compartiendo lugar con el Audax Italiano de Chile, KRC Genk de Bélgica, Rosenborg Ballklub de Noruega y el Udinese Calcio de Italia.
Y ocupó el 3er. lugar en cuanto a clubes mexicanos sólo debajo del Club América y el Club Deportivo Guadalajara.
En el Torneo Clausura 2011 (México) haría historia al ser el primer club que lograba meterle 6 goles al Deportivo Toluca en el Estadio Nemesio Díez, al golearlos 6 goles contra 1.
En ese mismo torneo logro entrar a la liguilla eliminando al América en Cuartos de final y al Cruz Azul en Semifinales, más en el juego de vuelta en el Estadio Morelos se desato una batalla campal principalmente por la entrada de un aficionado a la cancha intentando saludar a Gerardo Torrado del equipo celeste, más apareció el Chaco Giménez quien le propino una golpiza además de la entrada no autorizada a la cancha de Enrique Meza y Tomás Boy, y la suspensión de Jesús Corona al propinarle un cabezazo a un auxiliar del club michoacano.
Aún así después de todos estos desmanes, los michoacanos llegaron a la final contra los Pumas quedando el juego de ida 1-1 por los universitarios anoto Francisco Palencia y por los michoacanos Joao Rojas, pero el juego de vuelta en CU cambio la historia por completo, apenas transcurridos 14 minutos del encuentro el árbitro Marco Antonio Rodríguez marcó la pena máxima en favor de los pumas, y con un tiro magistral de Palencia los auriazules ya casi tenían el título en sus manos, pero a los 25 minutos Jaime Lozano emparejó los cartones por la misma vía, poniendo el 2-2 global, vendría el segundo tiempo y a los 77 minutos Javier Cortés aprovecho una jugada clave y anotó el gol que le daba a los felinos su séptimo título por marcador global de 3-2, siendo la cuarta final disputada por Morelia y la tercera como subcampeón.
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