Su primer equipo fue el Académicos, filial del Atlas. En este equipo estuvo hasta el Torneo Clausura 2003. En el Torneo Apertura 2003 ya pertenecía al primer equipo.

El 31 de agosto de 2003 fue la fecha en que debutó Juan Carlos Medina en la Primera División de México en un partido en donde el Atlas fue derrotado por los Tecos de la UAG por 1 a 0.

En el Torneo Apertura 2008 se convierte en el primer refuerzo del Club América en una operación cercana a los 3 millones de dólares.
Estuvo a prestamo para el Monterrey.