Desde que regresó la Copa MX con el formato de torneos cortos en el Apertura 2012, Cruz Azul ha alcanzado Liguilla en tres ocasiones; sin embargo, en las dos últimas han sido víctimas de un solo verdugo: Alebrijes de Oaxaca.
De las catorce ediciones que lleva dicha competencia hasta este Clausura 2019, La Máquina ha participado en diez, obteniendo dos títulos: Clausura 2013 y Apertura 2018.
Sin embargo, aunque los celestes han tenido una actuación destacable pudiendo acceder en siete ocasiones a Liguilla, en tres ocasiones han visto cortar su camino en la Fase de Grupos.
La primera fue en el Apertura 2012 cuando Atlas los eliminó en la última jornada al empatar 1-1. La segunda llegó a cortar una racha de seis campañas consecutivas accediendo a la etapa final, en el Clausura 2018.
Justamente fue el primer semestre de Pedro Caixinha en el timón. Los celestes recibieron la visita de Alebrijes en el Estadio Azul y necesitaban la victoria para la clasificación, sin embargo, una igualdad de 1-1 los dejó al borde del abismo, esperando que la siguiente fecha el conjunto oaxaqueño derrotara a Puebla con una diferencia de dos goles, además de otra combinación de resultados, algo que jamás sucedió y se quedaron en el camino.
Para el Apertura 2018 vino el segundo título para los cementeros en el formato de la Copa MX y sin toparse a Alebrijes en toda la competencia. En este Clausura 2019, Cruz Azul era el campeón defensor y en su grupo vio nuevamente a la escuadra de Oaxaca.
El fantasma apareció, la plantilla mezcalera le propinó una sentencia que se tradujo en la muerte del campeón tras caer 0-1 y ver el objetivo del bicampeonato reducido en una participación con apenas una victoria, el de la J3 contra los oaxaqueños. Alebrijes aniquiló el sueño celeste en la última fecha de la Fase de Grupos, pero a diferencia del marcador de un año antes, este martes fue con la derrota de 1-0 a domicilio. Eso sí, en el Clausura 2018, la institución del sureste del país no avanzó de Octavos de Final al caer 0-2 ante Toluca.
